La caduta dell'impero mongolo provocò una grave crisi nella società mongola. Questo periodo è chiamato «l'età dei sotto-monarchi» nella storiografia. Infatti, i dirigenti della Mongolia dopo il 1368 regnarono per poco tempo ed erano in crisi permanente con la nobiltà. Il khan perse gran parte dei suoi poteri. I signori locali iniziarono a prendere autonomia nei loro affari. L'antica nazione mongola si disgregò.

Gli Oirati si separarono e formarono la loro propria monarchia. La Mongolia si divise in una parte est e una parte ovest. La parte est si divise a sua volta in territorio interno e territorio esterno. Gli Oirati erano piuttosto attivi e talvolta effettuavano incursioni in Asia centrale.

La lingua mongola si frammentò inoltre in diversi dialetti distinti, che in seguito divennero lingue separate. Tuttavia, il periodo dal XV al XVII secolo fu caratterizzato da discepoli di spicco e poeti. Ad esempio, il principe Tsogt non era solo un combattente ma anche un poeta e filosofo.

Il buddhismo arrivò in Mongolia nel XVI secolo. Nel 1572, il khan Altan si convertì al buddhismo, rifiutando così le vecchie credenze sciamaniche. Il buddhismo insegnò ai mongoli la letteratura, la filosofia, la teologia e le scienze naturali.

La supremazia del khan era limitata nella Mongolia post-imperiale. 22 khan governarono la Mongolia tra il 1370 e il 1634. Il principe Oirati si impadronì del trono nel 1450, rompendo così la tradizione dei discendenti di Gengis Khan. Cinque anni dopo, la dinastia fu restaurata.

Nel 1470, il khan Batmönh unificò la Mongolia per 40 anni. Ma la sua morte portò a una ulteriore separazione.

Il periodo dal XV al XVII secolo segnò la nascita di numerosi documenti legali redatti dai signori mongoli. Durante l'impero, la grande legge Yasa governò da sola la società. Quindi, quando ogni principe voleva diventare indipendente produceva numerose leggi e altri documenti vincolanti. Ad esempio, il codice legale del khan Altan era in vigore nella regione Tumed. «La legge Mongolo-Oirati» e «Il Codice Religioso» figurano tra i più importanti.

Nel 1575, i Manciù arrivarono e assalirono la dinastia cinese Ming. Il loro leader Nurhaci dichiarò il suo regno Ching nel 1616. L'esercito manciù invase la Mongolia e fece pressione sui signori mongoli.

Nel 1636, il consiglio dei principi della Mongolia interna ammise la sua sconfitta e riconobbe l'autorità dell'imperatore manciù. L'ultimo della stirpe di Gengis Khan, il khan Ligden resistette ai Manciù fino alla sua morte nel 1634. Fu la fine di una grande dinastia. Questa situazione si aggravò perché alcuni mongoli si unirono all'esercito manciù per condividere le loro vittorie.

Nel 1691, i principi della Mongolia esterna decisero di accettare il dominio dell'impero manciù, dando nascita alla Zungaria come unica provincia indipendente della Mongolia.