I primi templi buddhisti in Mongolia furono costruiti durante il periodo degli Unni, che ebbe inizio nel III secolo a.C.

Dal 330 al 550 d.C., nel periodo Mongol-Nirun, il Buddhismo era diventato la religione ufficiale dello stato, e più di dieci re ricevettero titoli buddhisti onorari. Tuttavia, il Buddhismo non era praticato dal popolo, che continuava a seguire le pratiche ancestrali sciamaniche.

Il buddhismo tornò ad essere la religione dello stato mongolo per la seconda volta durante il periodo dell'Impero Yuan, quando Kublai Khan fece di Lama Pagva il maestro spirituale della Nazione.

Dopo il crollo dell'Impero Yuan, tuttavia, lo sciamanismo divenne nuovamente la religione più popolare.

Nel XVI secolo, il Buddhismo tornò ad essere la religione di stato della Mongolia per la terza volta. Nel 1587, Altan Khan fu il primo a conferire il titolo di Dalai Lama, significante «oceano di saggezza», a Sodnomjamts, il leader della «setta gialla» del buddhismo tibetano.

Tuttavia, il buddhismo fu realmente praticato dal popolo solo a partire dal XIX secolo. L'apice dello sviluppo del Buddhismo in Mongolia fu raggiunto alla fine del XIX secolo - inizio del XX. Con il sostegno dei Manciù, più di 700 monasteri furono costruiti in tutto il paese, accogliendo più di 30.000 lama.

I Manciù avevano come politica l'incoraggiamento della diffusione del buddhismo in Mongolia, in parte allo scopo di annientare la cultura locale, e in parte come un mezzo per minimizzare la potenziale opposizione politica al loro regime, assicurando che una larga proporzione della popolazione maschile fosse impegnata nei monasteri. All'inizio del XX secolo, si contavano 115.000 lama in Mongolia, corrispondenti al 20% della popolazione totale e a più di un terzo della popolazione maschile del paese. I giovani ragazzi erano tipicamente iscritti nei monasteri già all'età di cinque o sei anni, dove erano educati sotto la tutela di vecchi lama.

Nel 1911, la Mongolia divenne uno stato religioso indipendente con l'8º Bogd Khan come leader. A seguito della rivoluzione popolare del 1921, il Buddhismo iniziò tuttavia a declinare, e negli anni '30 e '40, quasi la totalità dei monasteri mongoli furono distrutti dal governo nel tentativo di abolire la religione di stato.

La forma di buddhismo praticata in Mongolia è stata estremamente influenzata dalle pratiche rituali e mistiche del Tantrismo, riflesse soprattutto nella credenza nel potere sovrumano delle parole sacre. Questa credenza prende la forma di libri o bandiere stampate e di mantra recitati.

Nella «setta gialla» del buddhismo, il libro è l'oggetto più sacro. È la fonte di saggezza che aiuta l'Uomo a sfuggire alla sua sofferenza. In caso di malattia o di disgrazia, così come nei periodi indicati dalle tavole astrologiche, i Mongoli considerano opportuno leggere o far leggere da lama libri particolari. Tipicamente, non è l'intero libro a essere letto, ma il dharani, serie di testi e di sillabe magiche che contengono l'essenza del libro in questione. Ogni famiglia considera di molto buon auspicio possedere un sutra religioso, che è piegato in un tessuto e conservato con cura nella parte posteriore della yurta. Solo un Lama è autorizzato a toccare questo sutra. Così non è mai letto in quanto tale, ma conservato come simbolo del suo contenuto, il quale è considerato come avente influenza indipendentemente dal fatto che sia letto o no.

I Mongoli credono anche che posizionare una bandiera di preghiera (khiimoriin dartsag) su un palo nella parte posteriore della loro yurta porterà loro sostegno nella vita quotidiana. Le parole iscritte sulla loro bandiera si suppone siano «attivate» dal soffio continuo del vento. Allo stesso modo, le preghiere possono essere attivate portando un libro alla propria testa, o girando la ruota di un mulino di preghiera, un dispositivo cilindrico contenente centinaia di preghiere.