I Manciù conquistarono la Mongolia interna ed esterna, incorporandole al loro impero. L'imperatore mancese divenne così sovrano della Mongolia. Tuttavia, la maggior parte della nobiltà mongola conservò i propri titoli. Il governo Qing riorganizzò l'amministrazione della Mongolia interna con il loro consenso.

Le 24 province della Mongolia interna furono suddivise in 6 regioni. L'impero Qing nominò un governatore per la Mongolia esterna che risiedette nella città di Uliastai. Esisteva inoltre un altro governo nella città di Ih Huree che amministrava la Mongolia interna. Quando la Mongolia occidentale cadde infine sotto il controllo mancese, questi ultimi stabilirono il governo di Khovd nel 1725. Il governo mancese formò quattro province, tra cui la provincia del khan Sain in omaggio al suo contributo nella guerra contro gli Oirad.

Quando i mongoli si convertirono al buddhismo nel 1639, elessero un superiore a capo della Chiesa buddhista, con il titolo di Bogd. Il Bogd era responsabile degli affari religiosi e, quando i Manciù arrivarono, lo mantennero come capo buddhista ufficiale. Un ministero speciale controllava gli atti del Bogd e le cerimonie buddhiste. Fu così che l'impero Qing creò un'amministrazione straordinariamente elaborata, con un sistema fiscale e accordi politici per la Mongolia interna ed esterna.

I mongoli resistettero all'imperialismo mancese attraverso ribellioni e ammutinamenti. Nel 1755, un gran numero di mongoli lanciò un attacco che circondò la Mongolia occidentale. Tra i ribelli figuravano il boshigt Galdan, Amarsanaa e Chingunjav. L'attacco ebbe inizialmente successo, ma i Manciù prevalsero in seguito e punirono severamente gli ammutinati. Amarsanaa fuggì dalla Mongolia e trovò rifugio in Russia, dove morì. Gli altri furono giustiziati.

Le leggi mancesi in Mongolia coprivano tutti gli aspetti della vita mongola. Lo "Halh Juram", promulgato tra il 1709 e il 1795, fu il codice legale di questa epoca. Esistevano inoltre gli "Scritti legali della Mongolia interna", emanati nel 1817. Si trattava di 63 volumi riguardanti varie questioni legali.

Durante il periodo del dominio mancese, la letteratura mongola conobbe un rinascimento. Poeti e scrittori produssero notevoli opere religiose e laiche. Il più celebre fu il monaco Danzanrawjaa, vissuto nel XIX secolo, grande drammaturgo. La sua opera più conosciuta fu "Saran höhöö".

Il governo mancese soffocò ogni aspirazione all'autonomia della Mongolia. Di conseguenza, la Mongolia trascorse il XIX secolo come una regione minore dell'impero Qing.